第三次全省土地調查領導小組辦公室內設綜合組、調查組、耕地等級組三個工作組，分工負責第三次全省土地調查的具體業務和日常管理工作。

（一）綜合組

組織協調辦公室日常工作，負責有關文件的起草、重要會議的組織、文電處理、網絡維護、信息綜合、新聞宣傳、教育培訓、人員管理、檔案、保密、接待等工作；擬定綜合性管理制度和規范，制定年度調查工作計劃，統籌經費預算編制、上報工作，監督各項制度和計劃執行；統籌協調政府采購工作，對辦公室國有資產監督使用和管理。

（二）調查組

細化土地調查技術規程、規定和標準；擬定土地調查方案；組織編制基礎圖件制作技術規范和相關研究工作；組織制定基礎圖件管理辦法以及保密制度；組織相關基礎資料的收集和分發；組織各地開展實地調查工作；檢查指導各地調查工作；組織調查成果的統計匯總；組織調查資料的歸檔管理、負責全省土地調查成果的編纂出版；指導各地土地調查權屬糾紛的調處工作；指導各地開展數據質量檢查，負責土地調查數據庫質量的省級核查；指導各地開展土地調查數據庫建設；負責土地調查成果省級數據庫和共享服務系統的建設與維護；負責組織省級土地調查信息的日常應用和成果的對外提供。

（三）耕地等級組

組織編制耕地質量等級和耕地分等定級調查評價實施方案、技術方案及相關規程標準等；組織各地開展耕地質量等級和耕地分等定級工作；組織檢查各地耕地等級和耕地分等定級成果；組織全省耕地質量等級和耕地分等定級成果匯總與分析。